Чрезмерная добыча, браконьерство или нерегламентируемый промысел нередко приводят к резкому сокращению численности даже широко распространённых животных. Большой урон фауне наносит случайное уничтожение: животные гибнут от сильных морозов, засухи, длительного разлива рек, высокой воды на водохранилище, высыхания водоёмов, различных стихийных бедствий, попадания в рыболовецкие сети, химического загрязнения среды пестицидами и тяжёлыми металлами, нефтью при авариях на трубопроводах.

Иногда большую смертность вызывают болезни и гибель от хищников. Причиной резкого сокращения численности может быть и вселение нового вида, особенно когда он занимает одну экологическую нишу с аборигенным животным. Например, резко уменьшилась численность европейской норки в нашей области с появлением здесь американской. Масса диких животных гибнет под колёсами и гусеницами транспорта, прежде всего ночью. Но особенно тревожит зоологов главная опасность — глобальное изменение условий существования, разрушение и засорение естественных мест обитания животных. На их популяции губительно действует повсеместное уменьшение площади лесов, распашка целинных и залежных земель, опустынивание, мелиорация, значительная рекреационная нагрузка на природу, перевыпас скота, создание обширных «промышленных пустошей». В результате коренным образом меняется состояние естественных ландшафтов, что вызывает изменение всего комплекса экологически связанных видов. Так, разрушение местообитаний часто приводит к мозаичности ареалов, они распадаются на мелкие далеко отстоящие, изолированные друг от друга участки. А дробление ареала в конечном итоге может привести к полному исчезновению вида на обширных территориях.