Представители духовенства писали доносы на великих русских революционных демократов — В. Г. Белинского, Н. Г. Чернышевского, Н. А. Добролюбова. Известный мракобес митрополит московский Филарет всячески поносил философские сочинения А. И. Герцена.

Мракобес и черносотенец обер-прокурор «святейшего синода» К. П. Победоносцев дал распоряжение считать «вредными» и «излишними» сочинения Тараса Шевченко, Д. И. Писарева, Н. А. Некрасова, М. Е. Салтыкова- Щедрина. В 1901 году «святейший синод» отлучил от православной церкви и предал анафеме (церковному проклятию) гениального русского писателя JI. Н. Толстого.
Постоянным нападкам со стороны церковников подвергались великие русские учёные-естествоиспытатели — И. М. Сеченов, Д. И. Менделеев, И. И. Мечников, К. А. Тимирязев, И. В. Мичурин, вся научная деятельность которых была ударом по мистике и поповщине.
В 1913 году была запрещена работа И. И. Мечникова «Этюды оптимизма». Ожесточённым нападкам подвергался К. А. Тимирязев, выступавший с самого начала своей научной деятельности борцом за идеи дарвинизма и подчёркивавший его атеистическое значение. «Дарвинизм, — говорил К. А. Тимирязев, — оградил науку от вторжения богословия».
Реакционные учёные и церковники добились того, что в 1892 году К. А. Тимирязева, бывшего тогда профессором Петровской академии, изгнали из академии.
Великий преобразователь природы И. В. Мичурин, который своими выдающимися научными исследованиями и практическими достижениями положил начало новому этапу в развитии материалистической биологии — советскому творческому дарвинизму, — подвергался самым ожесточённым нападкам церковников. Они ополчились на Мичурина за то, что его практическая деятельность по выведению новых сортов растений путём их скрещивания наносила сокрушительный удар по библейской сказке о неизменности видов, якобы" сотворённых богом. Знаменитый питомник Мичурина, где производились скрещивания растений, церковники называли «растительным домом терпимости».