Кассин решающую роль в концентрации фосфатного вещества придавал бактериям, остатки которых были обнаружены им в фосфоритах. Позднее его микробиологическая гипотеза (модификация биолитной) на основании аналогичных находок была поддержана Л. Кайе, А. Володиным и др. В настоящее время ее развивает Э. Школьник.

В 1930-х годах появилась принципиально новая хемогенная теория А. Казакова, которая получила широкое международное признание. В результате работ зарубежных исследователей в периферических юго-восточных зонах Атлантического и Тихого океанов было установлено явление вертикального подъема подповерхностных вод, получившее название апвеллинга. На этом основании А. Казаков предположил, что стяжения фосфоритов возникают там, где к поверхности поднимаются холодные глубинные воды океанов, обогащенные минеральными солями. Резкая смена температурного режима вод приводит к выпадению в осадок минералов. Поэтому чаще всего конкреции встречаются у засушливых побережий, где сильнее контраст между нагретыми поверхностными и холодными глубинными водами. При этом роль биогенного фактора полностью игнорируется.