Внутренний рифт включает центральное вулканическое поднятие со сложно расчлененным рельефом и обрамляющие его впадины. От срединно-океанических рифтов Красноморский отличается меньшей продолжительностью процессов наращивания земной коры, отсутствием срединного хребта и относительно малыми глубинами  впадины с высотой бортов 1—1,5 км.

В осевом троге установлен ряд локальных впадин, заполненных металлоносными осадками и гидротермальными минерализованными рассолами с температурой до 65° С . Толщина слоя рассолов от 8 до 320 м. В одной из этих впадин — Атлантис-П, размеры которой составляют 6 х 15 км, зафиксирована активная гидротермальная деятельность и продолжающийся в настоящее время процесс накопления металлоносных осадков. По данным Д. Бишофа, Г. Беккера, Г. Рихтера, Г. Бутузовой и других, металлоносные осадки впадины Атлантис-П представлены пачкой чередования слоев различных фаций и состава. Поверх осадков находится слой плотных горячих рассолов, температура которых имеющих промежуточный состав и образовавшихся в результате смешения донных рассолов с морской водой