В кристаллической фазе преобладают минералы марганца. Низкая степень упорядоченности и тонкодисперсность марганцевых минералов затрудняют их диагностику, тем не менее, среди них установлены тодорокит, бузерит, асболан, асболан- бузерит, вернадит. При нагревании или длительном хранении бузерит переходит в бернессит. Помимо перечисленных минералов в ЖМК встречаются пиролюзит, псиломелан и другие модификации гидрооксидов марганца.

Железистые минералы конкреций изучены хуже, что обусловлено низкой степенью окристаллизованности, в результате чего железо находится главным образом в виде аморфного гидратированного оксида. Наряду с этим в конкрециях устанавливается гетит, фероксигит, ферригидрит. По данным Ф. Чухрова и др. (1981), в некоторых конкрециях отмечалось присутствие лепидокрокита, гематита и акагенита, при этом отмечается, что эти три минерала встречаются в основном не в конкрециях, а в осадках из зон разломов, чаше в составе микроконкреций.